RÉSUMÉ
La nature de la phylogénie (mais pas la classification) influence la façon don’t nous devrions essayer de la récupérer. La phylogénie est la descente avec modifications adaptatives contraintes (et facilitées) par les étapes précédentes, en grande partie par la sélection naturelle et sexuelle. Ce théorème fondamental du processus évolutionnaire contient une foule d'avances post-Darwiniennes dans la biologie évolutionnaire qui lui sont conceptuellement associés. Simplement dit, ce paquet complexe de préceptes est donc la base théorique non seulement d'une analyse phylogénétique Darwinienne, mais également de n'importe quelle théorie complète de la fonction (au sens large) tant que de la structure. La biologie fonctionnelle Darwinienne est également l'étude des adaptations et des processus de leur saisie. Les évaluations d'ingénierie des adaptations ne sont pas un subsitut approprié pour l'analyse Darwinienne.
Les approches fondamentalement structuralistes à l'analyse évolutionnaire (y compris ceux de plusieurs phylogénétistes) considèrent les buts de l'analyse adaptationelle inaccessibles non seulement pour les fossiles mais aussi pour les organismes existantes. Cependant, les adaptations chez des organismes éteintes sont souvent meilleures comprises que leur phylogénie, malgré des réclamations largement annoncées que la reconstruction des phylogénies est plus correctement scientifique que l'analyse adaptationelle. N'importe qui qui travail avec les tissu osseux, les os, les articulations, et le squelette entier qui doute de que ces niveaux sont adaptés ontogénétiquement et phylogénétiquement est soit ignorant du vaste corps d'évidences qui supporte l'adaptivité du squelette à tous les niveaux, ou bien choisit d'ignorer ce domaine de la connaissance en faveur de l'esthétique offerte par l’analyse parsimonieuse. Une évaluation strictement fonctionnelle et adaptationelle (écologiquement utilitaire) des traits est nécessaire, chez les orgnaismes existants tant bien que les organismes éteintes, afin d’établir avec confiance (c.-à-d., de façon probabliste) les polarités des traits homologues peuvant servir à l'analyse phylogénétique. Ceci, y compris le cueillage des homoplasies d'une base de données, rapporte des propriétés taxonomiques robustes contre lesquelles des hypothèses de phylogénie de lignée et de taxons peuvent être évaluées. L'appareillement de l'approche " de rôle causale " de Lauder et co-auteurs avec la cladistique à base de parsimonie - ce qui est une perspective structuraliste, non pas Darwinienne - n'avance pas le but de la fiabilité dans la reconstruction phylogénétique. Les systématistes devrait s’efforcer d'utiliser seulement des caractères ordonnés et polarisés dans leurs évaluations probabilistes des phylogénies, une approche qui fournit l'évaluation la plus fiable des hypothèses phylogénétiques qui peuvent également avoir une signification causale.
Une explication évolutionnaire (toujours contrainte dans son expression taxonomique par l'heuristique non directement lié à la phylogénétique) implique les composantes causales et historiques d'une transformation particulière (un devenir évolutionnaire). Une distinction théorique pointue entre les explications fonctionnelles et évolutionnaires devrait être substituée par une conceptualisation moins dichotomique et hiérarchique, tant bien que plus temporellement "intra-lié" et interlié, du rapport entre l'évolution de la fonction (mécanique ou physiologique) et les rôles biologiques des traits. La biostratigraphie et l’analyse fonctionnelle (au sense large) fournissent les bases théoriquement valides de l'analyse transformationnelle des attributs des populations d’organismes dans la phylogénétique. L'analyse transformationnelle des traits devrait être cadré biologiquement et distingué de l'analyse parsimonieuse taxogrammatique. L'analyse transformationnelle et la compréhension des rapports des lignées est un prérequis pour le développement de phylogénies clairement testées. L'analyse adaptationelle et les analyses phylogénétiques sont tous deux déductifs, et fondés sur des hypothèses théoriques, jamais avec l’information parfaite et complète; ni l'un ni l'autre n'a le dessus théorique. La primacie dogmatiquement allégué de la cladistique à base d’analyse de parsimonie, avec toutes ses acquis tronquées et circulaires, est plus une construction sociale complexe (un paradigme Kuhnien) qu'une position théoriquement défendable.
MOTS CLÉS: Fonction, analyse mécanique, analyse adaptationelle, analyse phylogénétique Darwinienne, cladistiques, évolution en mosaïque.