APPENDIX

Appendix: R source code

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###chunknumber1:data-in

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#linesstartingwitha#arecomments,andareignoredbytheRinterpreter

#install.packages('fossil')

library(fossil)

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###chunknumber2:list-to-occ-mat

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data(fdata.list)

create.matrix(fdata.list,tax.name='species',locality='locality')

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###chunknumber3:list-to-abund-mat

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data(fdata.list)

create.matrix(fdata.list,tax.name='species',locality='locality',

abund=TRUE,abund.col='abundance')

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###chunknumber4:list-to-lats

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data(fdata.list)

create.lats(fdata.list,loc='locality',long='longitude',

lat='latitude')

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###chunknumber5:sim-measure

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sampleA<-c(1,1,0,1,1,1,1)

sampleB<-c(0,1,1,0,0,1,1)

sorenson(sampleA,sampleB)

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###chunknumber6:spp-ests

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data(fdata.mat)

chao1(fdata.mat)

jack1(fdata.mat)

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###chunknumber7:shapefiles

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data(fdata.lats)

shape.lats<-lats2Shape(fdata.lats)

fdata.dist<-dino.dist(fdata.mat)

fdata.mst<-dino.mst(fdata.dist)

shape.mst<-msn2Shape(fdata.mst,fdata.lats)

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###chunknumber8:mst-map

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data(fdata.mat)

fdata.dist<-dino.dist(fdata.mat)

fdata.mst<-dino.mst(fdata.dist)

data(fdata.lats)

library(maps)

map('state')

mstlines(fdata.mst,coordinates(fdata.lats))

points(coordinates(fdata.lats),pch=16,col='white',cex=3)

points(coordinates(fdata.lats),pch=1,cex=3)

text(coordinates(fdata.lats),labels=LETTERS[1:12])

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###chunknumber9:geo-dist-map

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data(fdata.lats)

fd.subset<-coordinates(fdata.lats)[1:3,]

earth.dist(fdata.lats[1:3,])

map('state')

polygon(fd.subset)

text(c(-110,-101,-106),c(42,42,47),

labels=round(earth.dist(fd.subset)[c(1,3,2)]))

points(fd.subset,pch=16,col='white',cex=3)

points(fd.subset,pch=1,cex=3)

text(fd.subset,label=LETTERS[1:3])

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###chunknumber10:spp-area-fig

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plot(log(sac(fdata.lats,fdata.mat)[[1]]),

ylab='logspeciesrichness',xlab='logarea(km^2)')