I have developed a set of software tools and functions that are useful in studying the ecology and biogeography of fossil organisms. The functions included can calculate biodiversity measures, differences between different ecosystems, the distance between different ecosystems, as well as a number of other biodiversity related functions. This software is written as an add-on package to the popular statistics program commonly known by the single-letter name 'R'. The R program as well as the software in this paper have both been released under an Open Source license, meaning that anyone can view the original code used to create the software, and can reuse or modify the software provided they allow others to do the same. As more large data sets of fossil data are created, we will need statistics more in order to understand both the patterns of biodiversity present, as well as the processes that create these patterns.

Resumen en Español

Fossil: Herramientas para análisis paleoecológico y paleogeográfico

El paquete de software Fossil es una colección de herramientas para analizar de forma sintética conjuntos de datos ecológicos y geográficos. El software está diseñado para ser usado con lenguaje estadístico R y tiene licencia de código abierto, por lo que se puede descargar, usar y modificar libremente. El paquete incluye funciones para estimar la riqueza de especies, especies compartidas/diversidad beta, curvas especies-área y distancias y áreas geográficas. El paquete contiene también abundante documentación y ejemplos de utilización de  todas las funciones.

PALABRAS CLAVE: análisis de datos; software; paleoecología; biogeografía; paleobiodiversidad

Traducción: Miguel Company

Résumé en Français

Fossil: Outils d’analyses Paléoécologiques et Paléogéographiques

L’ensemble de logiciels ‘Fossil’ constitue une collection d’outils analytiques pouvant analyser synthétiquement des jeux de données écologiques et géographiques. Ce programme est conçu pour être utilisé avec le langage statistique R et est mis à disposition sous une licence ‘Open Source’, rendant son téléchargement, son utilisation et sa modification libres. L’ensemble inclus des fonctions pour estimer la richesse spécifique, la diversité partagée espèces/beta, les courbes aire-espèce et les distances et aires géographiques. Le programme contient également une documentation complète et des exemples à l’utilisation de chaque fonction.

MOTS CLES: analyse de données; logiciel; Paléoécologie; Paléogéographie; Paléobiodiversité

Translator: Olivier Maridet

Deutsche Zusammenfassung

Fossil: Paläoökologische und paläogeographische Analysewerkzeuge

Das Fossil Softwarepaket ist eine Sammlung von Analyseinstrumenten, um synthetisch ökologische und geographische Datensätze zu analysieren. Die Software ist so gestaltet, dass sie mit der R Statistical Language genutzt werden kann. Außerdem wird sie unter einer Open Source Lizenz veröffentlicht und kann so frei heruntergeladen, genutzt und modifiziert werden. Das Paket beinhaltet Funktionen, um Artenreichtum zu schätzen, shared species/beta Diversität, Artengebietskurven und geographische Entfernungen und Gebiete. Zusätzlich enthält das Paket umfangreiche Dokumentation und Beispiele zur Benutzung all dieser Funktionen.

SCHLÜSSELWÖRTER: Datenanalyse; Software; Paläoökologie; Biogeographie; Paläobiodiversität

Translator: Eva Gebauer

Translator: Ashraf M.T. Elewa

Polski Abstrakt

Fossil: Paleoekologiczne i Paleogeograficzne Narzędzie Analityczne

Matthew J. Vavrek 

Pakiet programów Fossil to zbiór narzędzi analitycznych do syntetycznej analizy ekologicznych i geograficznych zestawów danych. Oprogramowanie zostało zaprojektowane w oparciu o Język Statystyczny R i podlega licencji Open Source, co sprawia, że można go za darmo: ściągać, używać i modyfikować. Pakiet zawiera funkcje oszacowywania bogactwa gatunkowego, współdzielonej różnorodności gatunkowej/beta, krzywe obszarów dla gatunków, oraz odległości geograficznych i obszarów. Pakiet zawiera też bogatą dokumentację i przykłady tłumaczące, jak używać wszystkich z funkcji.

SŁOWA KLUCZOWE: analiza danych, oprogramowanie, paleoekologia, biogeografia, paleobioróżnorodność

Translators: Dawid Mazurek and Robert Bronowicz

Riassunto in Italiano

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Translator: Chiara Angelone